
Waterschap Vallei & Eem heeft het Valleikanaal tussen Leusden en Veenendaal in gericht als ecologische verbindingszone.
De werkzaamheden vonden plaats in 2007. Er zijn vier stapstenen aangelegd, verschillende recreatieve voorzieningen en over 8,4 kilometer is het kanaal voorzien van een natuurvriendelijke oever.
De gemeente Leusden en Waterschap Vallei & Eem richten momenteel samen het Valleikanaal ter hoogte van Leusden in. De gemeente richt zich op het gedeelte bij de Stuw Asschat, ter hoogte van het Valleipark. Het waterschap bereidt de werkzaamheden voor van het gedeelte tussen het Valleipark tot aan de Horsterweg. De uitvoering van deze werkzaamheden starten in de loop van 2010.
Naast natuur is er ook ruimte voor recreatie. Het waterschap heeft negen kanosteigers aangelegd. Ook zijn diverse bankjes geplaatst langs het kanaal. Verder is het brugdek van de Bruinenburgersluis opgeknapt. Deze ligt tussen het Valleikanaal en de Oude Lunterse Beek.
Het waterschap heeft het onderhoudspad uitgegraven. Dit onderhoudspad was niet meer nodig. De watergang wordt tegenwoordig met een maaiboot gemaaid. Omdat het onderhoudspad lager is komen te liggen, is een berm ontstaan, net onder water. Dit heet een plasberm. Het ondiepe water in de plasberm is vooral bedoeld als babykamer voor jonge vissen. De plasberm groeit vol met oeverplanten als riet, gele lis en grote egelskop.
Langs het Valleikanaal ligt een liniedijk. Deze liniedijk is cultuurhistorisch beschermd. De liniedijk spoelt op sommige plaatsen weg door de stroming van het Valleikanaal. Het waterschap heeft de liniedijk beschermd door de aanleg van een damwand en beschoeiingen. Deze damwand en beschoeiingen staan tussen het kanaal en de plasberm.
In samenwerking met particuliere grondeigenaren heeft het waterschap vier stapstenen voor amfibieën als kikkers, padden en salamanders aangelegd. Stapstenen zijn kleine natuurgebieden langs of in de buurt van het kanaal. Ze vormen een rustpunt voor dieren in hun reis langs de verbindingszone. Het gaat om de volgende vier stapstenen:

De stapstenen zijn zo ingericht dat de amfibieën zich hier thuis voelen. In elke stapsteen ligt daarom een poel. De particuliere eigenaren zorgen voor het onderhoud van de stapstenen.
De ecologische verbindingszone in combinatie met de stapstenen biedt amfibieën de mogelijkheid zich langs het hele Valleikanaal te verplaatsen. Bruggen vormen soms een obstakel in deze route, omdat de dieren daar over de weg heen moeten. Het waterschap heeft daarom onder een aantal bruggen looprichels gemaakt. De brug bij de Heuvelsesteeg heeft aan twee kanten looprichels. Ook de bruggen bij de kruising met de spoorlijn Arnhem – Utrecht hebben richels.

Het waterschap richt ook de rest van het Valleikanaal in als ecologische verbindingszone. Zo ontstaat een lint natuur dat de randmeren met de beken op de Veluwe en Utrechtse Heuvelrug verbindt. Het Valleikanaal in Amersfoort heeft in 2005 natuurvriendelijke oevers gekregen.
Het Valleikanaal door Veenendaal wordt in 2010 aangepakt. Als de werkzaamheden in Veenendaal klaar zijn, is het hele Valleikanaal als ecologische verbindingszone voor vissen ingericht.
